1、真菌感染：因不注意个人卫生而引发病菌的感染也会导致指甲出现凹凸不平的情况，如果指甲的症状除了凹陷，凹凸不平之外，还带有变黄，增厚的情况那么就一定是灰指甲，这就需要及时前往医院检查并接受治疗。
2、营养缺乏：有人观察到，长期饥饿、手指瘫痪或固定等因素可使指甲生长缓慢。患缺铁性贫血及造成肢端缺血的雷诺氏病，皆可引起指甲凹凸不平症。说明指甲凹凸不平与营养也有一定的关系。一般来说：此种病甲表现提示身体内钙质、蛋白质、硫元素的缺乏，这些营养物质可以从蛋类、大蒜中取得，建议患者要经常食用为好。
3、天气原因：寒冷的天气可使血管收缩，血流速度减慢，加重末梢组织缺氧，导致指甲凹凸不平。
